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- 微生物機能を活用した環境調和型製造基盤技術開発（メルシャン、NEDO）
- 植物機能を活用した高度モノ作り基盤技術開発（RITE, NEDO）
- メタボロミクスによる光合成生物の代謝調節機構の解析と有用物質生産への応用（日立造船）
- ストレス自己解消細胞の創出とバイオ生産プロセスへの展開（企業との共同研究）
- 核酸高含有出芽酵母株の創製（企業との共同研究）
- 乳酸菌による有用多糖の生産（森下仁丹）
- 醸造微生物のメタボロミクス（月桂冠）
- 天然ゴムの生合成機能解明（ブリジストン・日立造船）
- 閉鎖系インテリジェント栽培システムの開発（サントリー）
- リン資源の再利用技術とリサイクルシステムの開発（生研センター）
- バイオマスからの組換え酵母による高効率乳酸生産プロセスの開発（豊田中央研究所、NEDO）
- 微生物固体発酵による高効率なリグノセルロース完全利用システムの開発（NEDO）
- ゲノムの再構成技術の開発と最適ゲノムファクトリー創成への応用（企業との共同研究）
- 微生物電池に関する研究（（株）タクマ）
- セレン含有廃水の生物学的処理リアクターの開発と資源回収（JST研究成果活用プラザ大阪）
- 環境負荷低減・高度安全水処理システム技術の開発（三菱電機）
- 植物の多様な代謝機能を利用した環境汚染物質浄化技術の開発（関西電力）
- 光合成生物の環境ストレス応答反応の進化プロセスの解析と環境、農業および医療分野への応用（関西電力）
- 新機能抗体創製技術開発（NEDO）
- 移植を前提としたヒト培養組織の生産プロセス手法ならびに品質評価手法の確立（NEDO）
- 糖質関連酵素を用いたプレバイオティクスの開発（企業との共同研究）
- タンパク質結晶の次世代デバイス化に向けた溶液状態制御による創製およびプロセッシング技術の開発（NEDO）
- バイオアクティブビーズの産業バイオへの応用研究（企業との共同研究）
- 東南アジア物造り産業バイオ研究拠点の形成（東南アジア諸国との連携）
● 工学研究科 生命先端工学専攻
・極限生物と生体分子工学（金谷 茂則・高野 和文・古賀 雄一）
・ゲノムのデザインによるものづくり（原島 俊・金子 嘉信・杉山 峰崇）
・微生物によるものづくり工学（塩谷 捨明・片倉 啓雄・仁宮 一章）
・バイオプロダクション（大竹 久夫・大政 健史・本田 孝祐）
・細胞機能の解明と工学的利用（福井 希一・松永 幸大・内山 進）
・植物代謝工学に資する基盤技術開発（小林 昭雄・福崎英一郎・岡澤 敦司）
・進化のデザイン（卜部 格・松浦 友亮・塚田 幸治）
・安全安心な三色（食植職）を生みだす生物工学（山下 光雄・小野 比佐好）
● 工学研究科 環境・エネルギー工学専攻
・産業を支えるバイオ環境総合技術の開発（池 道彦・惣田 訓・清 和成）
● 情報科学研究科 バイオ情報工学専攻
・代謝情報によるものづくり（清水 浩・古澤 力・永久 圭介）
・共生情報によるものづくり（四方 哲也・柏木 明子）
● 基礎工学研究科 物質創成専攻
・Ｑuality of life に貢献する新規バイオ産業の創出（田谷 正仁・紀ノ岡 正博・西岡 求）
● 薬学研究科 応用医療薬科学専攻
・多様な生物機能を利用したものづくりと環境浄化（平田 收正・馬場 健史）
● 生物工学国際交流センター
・新しい微生物生物資源の探索と利用を目指して（関 達治・藤山 和仁・川崎（中川）浩子）
・合理的な二次代謝改変による分子育種（仁平 卓也・木下 浩・木谷 茂）
● 産業科学研究所
・マイクロデバイスを用いた超高感度バイオアッセイ（野地 博行・田端 和仁・飯野 亮太）
